Para usar php com o módulo userdir (que permite ter os ficheiros em $HOME/public_html/), é preciso editar o ficheiro /etc/apache2/mods-enabled/php5.conf e como indica o comentário nesse ficheiro, desactivar as linhas:
#<IfModule mod_userdir.c>
# <Directory /home/*/public_html>
# php_admin_value engine Off
# </Directory>
#</IfModule>