Parece que existiu uma alteração qualquer no código do xorg que mudou o funcionamento da aceleração do rato. Isto causa complicações com certos jogos ou aplicações que resultam no rato ficar lento, o ponteiro saltar, etc.
A solução que encontrei foi criar um script de wrapper nas aplicações com problemas e correr um xset depois (2 ou 3 segundos) de arrancar a aplicação:
#! /bin/bash
/path/to/bin &
sleep 3
xset m default
Isto reverte as alterações que a aplicação possa ter feito à aceleração do rato... :roll: